ДЕНЬ ОТКРЫТЫХ ДВЕРЕЙ

КАФЕДРА ЗООЛОГИИ ПОЗВОНОЧНЫХ

Компьютерные методы в биологических исследованиях

Занятия преследуют цель преподать студентам 3 курса навыки работы с базовыми компьютерными программами, которые часто используются в ходе сбора и обработки исследовательских данных, написания научных публикаций, подготовке устных и стендовых выступлений.

Курс включает 15 практических занятий:

1. Обработка сканированных изображений и фотографий. Оцифровка изображений на сканере: цветовые режимы, разрешение изображения, формат графического файла, объем файла. Обработка фотографий в программе Adobe Photoshop: изменение разрешения, объёма и формата файла, «чистка» элементов рисунка, изменение цветовой гаммы изображения, работа со слоями, цифровые эффекты и фильтры, создание надписей.

2. Работа с векторными изображениями и схемами. Создание и обработка векторных изображений в программе CorelDraw: форматы файлов векторных изображений, версии программы и изменение рабочих настроек, основные инструменты рисования и заливки объектов, группировка объектов, вставка растровых изображений и текстовых файлов, создание постеров и карт-схем.

3. Первичная обработка численных данных. Работа с программой Microsoft Excel: настройки программы, оформление таблицы, автофильтры и сортировка данных, построение графиков, надстройка «Анализ данных» (вывод описательной статистики, генерация случайных чисел, создание случайной и периодической выборки, F-критерий для сравнения дисперсий двух выборок), работа с макросами, функции написания формул (относительные и абсолютные ссылки, математические, статистические и логические функции), создание автоматизированных шаблонов для обработки данных.

4. Статистическая обработка данных. Работа с программой Statistica: настройки программы, создание и оформление таблицы, транспозирование таблицы, функции написания формул, вывод описательной статистики, выбор параметрических и непараметрических критериев обработки, проверка распределения на нормальность (критерий Колмогорова-Смирнова, критерий Шапиро-Уилка), критерии парного сравнения (t-критерий Стьюдента для независимых и для зависимых переменных, критерий Манн-Уитни, критерий Вилкоксона для сопряженных пар), корреляции (коэффициент корреляции Пирсона и Спирмена), построение и сохранение графиков (диаграмма рассеивания, «коробочки с усами», гистограммы, линейные графики, трехмерные диаграммы).

5. Стереореконструкция объекта по серии гистологических срезов.  Работа с программой Stermm, написанной Ю.Ф.Ивлевым для среды MatLab: особенности векторных и растровых изображений, ручная и автоматическая трассировка объекта на срезе, вращение объекта, слияние контуров в трехмерную модель. Это занятие технически подготавливает студентов к предстоящему в следующем семестре Практикуму по микротехнике. Всего проводится 4 занятия.

6. Электронная картография.  Понятие об исходных геодезических датах (Datum) и системах координат. Работа с  приборами спутникового позиционирования (GPS). Работа с программой OziExplorer: обмен данными между GPS и компьютером, калибровка карт, планирование маршрутов, обмен данными с другими картографическими программами. Работа с программой MapInfo: понятие о геоинформационных системах (ГИС), калибровка карты, работа со слоями, работа с точками, работа с контурами и площадями, создание легенды к карте, перевод данных в формат программы ArcView. Всего проводится 4 занятия.

7. Статистическая обработка картографических данных. Работа с программой ArcView: ArcView как аналог MapInfo, работа со слоями, подключение модулей. Модуль Animal Movement: построение траектории движения животного, определение направленности траектории движения методом Монте-Карло,  оценка агрегированности точек методом «ближайшего соседа», выброс из анализа наиболее удалённых точек, выбор случайных точек, построение границ участка обитания (метод минимального участка, метод эллипса, метод «кернела»). Перевод обработанных данных из ArcView в MapInfo.

8. Создание публикаций. Работа с программой Microsoft Publisher: принцип работы программ для верстки текста, текстовые рамки, вставка рисунков и таблиц, проверка макета. Работа с программой Adobe Acrobat: создание pdf-файлов, вставка и удаление страниц из pdf-файла, добавление комментариев и правок к тексту, создание закладок, защита содержимого pdf-файла, поиск по коллекции статей pdf-формата, копирование текста и изображений из pdf-файла. Создание методичек и авторефератов с автоматическим разбиением текста на страницы в модуле Verstka (автор А.Орлов) для Microsoft Word.

9. Создание презентаций. Работа с программой Microsoft PowerPoint: настройки программы, создание слайда, задание фона, вставка рисунков, надписей, особенности вставки звуковых и видео файлов, группировка и порядок объектов на слайде, анимация объектов на слайде, анимация перехода между слайдами, настройка автоматического показа слайдов, упаковка презентации, сохранение в формате демонстрации *.pps, распечатка миниатюр слайдов для доклада, рекомендации по оформлению презентации. Создание подвижных изображений для презентации в программе Easy GIF Animator.


Составители – доцент, кандидат биологических наук Сергей Викторович Огурцов, научный сотрудник, кандидат биологических наук Ирина Борисовна Солдатова, научный сотрудник, кандидат биологических наук Хосе Антонио Эрнандес-Бланко (ИПЭЭ им. А.Н.Северцова РАН)

*Спецкурсы

На сайт Биологического ф-та МГУ
На сайт МГУ

Дизайн сайта: Сергей В. Огурцов, 2005-2010

E-mail: compclass7@yandex.ru

На начальную страницу