Истоки кафедры восходят к 1770 г., когда из состава кафедры натуральной истории была выделена кафедра зоологии и ботаники. Этот период ознаменовался началом широкомасштабных научных исследований, а также педагогич
еской, научной и организационной деятельностью Г.И. Фишера фон-Вальдгейма (1771-1853) – основателя Зоологического музея и Московского общества испытателей природы (1805).
В 1808 г. кафедры зоологии и ботаники были разделены, а затем была создана кафедра анатомии проф. И.А. Двигубского. Кафедрой зоологии с 1829 по 1840 г. руководил проф. А.И. Ловецкий. Второй исторически важный этап связан со временем К.Ф. Рулье (1814-1858), который в 1840 г. стал преемником А.И. Ловецкого по Зоологическому музею и кафедре зоологии, а затем и преемником И.А. Двигубского по кафедре анатомии. Основные научные интересы и педагогическая деятельность К.Ф. Рулье была связана с зоологией и сравнительной анатомией позвоночных. Одной из приоритетных дат для зоологии позвоночных считается открытие кафедры сравнительной анатомии под руководством проф. И.Т. Глебова 12 ноября 1842 г. С этого времени и до наших дней именно кафедры и кабинеты сравнительной анатомии, неоднократно сливаемые с кафедрами зоологии и выделяемые вновь, становятся одной из материнских линий структур кафедры зоологии позвоночных. При этом через ведущих профессоров и научно-педагогические группы внутри кафедр зоологии традиция передачи именно сравнительной анатомии позвоночных осуществляется непрерывно до наших дней. После смерти К.Ф. Рулье в 1858 г. А.П. Богданов
принял на себя заведование кафедрой сравнительной анатомии и Зоологическим музеем. Но уже в 1878 г. имя А.П. Богданова фигурирует как заведующего кафедрой зоологии. Кроме того, с 1880 г. к Я.А. Борзенкову (после защиты докторской диссертации) переходит заведование кабинетом сравнительной анатомии (по некоторым данным в те годы статус «кабинета» был идентичен статусу кафедры). Я.А. Борзенков был крупнейшим специалистом в области сравнительной анатомии и традиционно считается основоположником большого практикума по сравнительной анатомии, существующего на кафедре зоологии позвоночных и в наши дни. После смерти Я.А. Борзенкова в 1883 г. заведование кабинетом сравнительной анатомии переходит к М.А. Мензбиру. В 1884 г. упоминается уже кафедра сравнительной анатомии, по которой М.А. Мензбир числится в должности доцента. В 1886 г. речь идет о кафедре зоологии и сравнительной анатомии, при которой М.А. Мензбир утвержден в должности экстраординарного 
профессора. По некоторым материалам (Дементьев, 1938) в эти годы (1885-1887) кафедра вновь разделена на две самостоятельные, и заведующим кафедрой сравнительной анатомии в 1885 г. назначен М.А. Мензбир. При этом следует помнить, что магистерская и докторская диссертации А.П. Богданова посвящены позвоночным животным. Он же многие годы, заведуя кафедрой зоологии, читал именно курс зоологии позвоночных. В 1896 г. после смерти А.П. Богданова руководство кафедрой переходит к А.А. Тихомирову, также читавшему курс зоологии позвоночных и одновременно исполнявшему обязанности директора Зоологического музея. После ухода А.А. Тихомирова из университета в 1903 г., курс зоологии позвоночных полностью переходит в стены кабинета сравнительной анатомии (кафедры) М.А. Мензбира. Однако вскоре этот же параллельный с Мензбиром курс уже читал Б.М. Житков в Зоологическом музее. В 1917 г. под руководством Б.М. Житкова создана самостоятельная кафедра зоологии позвоночных (вначале без штатных единиц). 
Первым и ряд лет единственным сотрудником и ассистентом по кафедре Б.М. Житкова был Н.А. Бобринский. 1 октября 1918 г. выходит декрет СНК РСФСР “О некоторых изменениях в составе и устройстве государственных заведений”. В университете создаются новые отделения и кафедры. Ряд доцентов и приват-доцентов получают звания профессоров. В их числе и Б.М. Житков, бывший штатным доцентом, избирается штатным профессором по кафедре зоологии позвоночных. С началом его деятельности на посту заведующего связаны широкое развитие исследований по охране природы, биологии охотничье-промысловых зверей и птиц, а затем — биологическим основам пушного промысла, звероводства, разработке пушных стандартов и проблем акклиматизации животных. В дальнейшем этот комплекс работ стал основой широкомасштабных экологических исследований, превративших кафедру зоологии позвоночных МГУ в один из крупнейших научных и педагогических центров современной экологии.
Таким образом, именно время А.П. Богданова и начала заведования кафедрой сравнительной анатомии М.А. Мензбиром (условно 1885 г.) может быть принято в качестве основной даты начала истории нынешней кафедры зоологии позвоночных. Именно эта дата обоснована тем, что М.А. Мензбир становится не только основателем, но и признанным лидером всех основных направлений современной научной и педагогической деятельности кафедры зоологии и сравнительной анатомии позвоночных животных (сравнительной анатомии, зоогеографии, систематики, охотничье – промыслового дела). Большой сравнительно-анатомический практикум и в настоящее время является фундаментальной профессиональной основой подготовки студентов кафедры (А.Н. Дружинин, Л.В. Ганешина, В.А. Раков, Н.Н. Гуртовой, Ф.Я. Дзержинский, Г.И. Гончарова). Ключевое значение, на наш взгляд, имеет и тот факт, что научная, педагогическая, общественная и организационная деятельность М.А. Мензбира и его учеников без малейших сомнений всецело принадлежит современной кафедре зоологии позвоночных и является ключевой именно для этого направления зоологической науки. Кафедра М.А. Мензбира (с 1912 г. руководимая А.Н. Северцовым) 
и кафедра Б.М. Житкова оказываются параллельными структурами, от слияния которых в 1931 г. формируется кафедра, приобретающая название кафедры зоологии и сравнительной анатомии позвоночных животных. В то же время в связи с расформированием кафедры зоологии проф. Г.А. Кожевникова (1917-1929) и И.И. Месяцева (1929-1930) в состав новой кафедры зоологии и сравнительной анатомии позвоночных животных переходит группа профессоров, преподавателей и сотрудников (С.И. Огнев, В.Г. Гептнер, А.Н. Формозов и другие, которые, работая вначале в структуре кафедры зоологии Г.А. Кожевникова, были специалистами в области зоологии позвоночных и считали себя учениками М.А. Мензбира). Конец 20-х — начало 30-х годов, как известно, были годами поистине лихорадочных организационных экспериментов, породивших немыслимую путаницу документации и архивных дел. В отчетах этих лет, в частности, кроме кафедр сравнительной анатомии и зоологии позвоночных фигурируют кафедры промысловой зоологии, морфологии и систематики позвоночных.